Yên Tử quý giá bởi hệ thống chùa tháp nhà Trần trải dài liên tục hàng chục km từ chân núi lên đỉnh núi cao 1.068m, đến nay vẫn còn được bảo lưu nguyên gốc. Yên Tử còn làm say đắm lòng người với thảm thực vật phong phú, những lão tùng, lão mai, cốt cách quân tử á Đông, những bạt trúc vàng chỉ có ở vùng núi này và những cây thuốc quý dân gian. Thực vật Yên Tử chính là nền tảng, tạo nên cảnh sắc đặc biệt của chốn non thiêng này.
Một cây đại cổ thụ trên chùa Hoa Yên (Yên Tử) bị công trình xây dựng đè lên một phần gốc.
Theo nghiên cứu của các nhà khoa học thì ngay từ khi khởi xướng xây dựng thiền viện, chùa tháp Yên Tử theo một hệ thống kiến trúc độc đáo các nhà quy hoạch thuở đó đã trồng cây gây rừng để tô điểm cảnh quan các công trình và môi trường sinh thái. Ngày nay, ngang dọc những con đường Yên Tử đều có những bóng tùng mát rượi, trong đó nơi còn nhiều cội tùng cổ thụ nhất là chùa Hoa Yên. Trải qua hàng trăm năm, những cội tùng trội rễ trên mặt đất làm tay bám cho dòng người hành hương vượt qua những dốc núi dựng ngược, vách đá cheo leo. Cây tùng Yên Tử có 3 loại, thuỷ tùng, thanh tùng và xích tùng. Trong đó xích tùng là loại cây cực kỳ quý hiếm, gỗ đỏ, vân như hoa mẫu đơn, đường kính thân cây khá lớn. Tùng Yên Tử trường tồn theo thời gian, là biểu tượng về khí phách bất tử can trường trước mọi hoàn cảnh, chúng còn là những chứng nhân lịch sử, ghi dấu sự thăng trầm, trường thịnh của bao thế hệ. Theo thống kê của Trung tâm quản lý di tích - danh thắng Yên Tử, hiện Yên Tử còn trên 200 cây tùng có tuổi thọ từ vài đến 7 thế kỷ. Cùng với những hàng xích tùng ngợp bóng mát, Hoa Yên - Yên Tử còn 3 cây đại cổ thụ với những đường nét phong sương và màn hoa trắng ngần bung nở. Tuy chưa được xác định về niên đại chính xác của cây song đây cũng được coi là chứng nhân tin cậy của Sơn môn Yên Tử.
Du khách đến Yên Tử ngày xuân còn được ngắm cảnh đẹp rực rỡ của mâi vàng. Mai vàng có ở khắp nơi, từ chùa Đồng đến thác Vàng, thác Bạc, chùa Một Mái, Vân Tiêu, Bảo Sái đều có mọc loài hoa này. Theo nghiên cứu của Viện Khoa học nông nghiệp Việt Nam, cây mai mọc ở núi rừng Yên Tử từ 800 năm trước, là loại mai sống thành quần thể rừng, rễ len lỏi trong các khe đá, thân khá lớn, có thể tới 0,5m, cao 7-8m. Điểm khác biệt của mai Yên Tử với các loài mai khác là lá non màu xanh mướt, không bị điểm sắc tím, vàng, đỏ.
Trong khí tiết xuân mới với những hạt mưa xuân li ti, rải đều trên thảm thực vật, mọi người sẽ ngỡ ngàng trước vẻ đẹp hoang sơ và đầy sức sống của bạt trúc Yên Tử. Đây chính là mùa mọc măng trúc, những ngọn măng nhỏ, nhọn đâm thẳng lên tua tủa. Trúc Yên Tử mọc đặc biệt dày và đẹp ở khu vực chùa Bảo Sái. Theo các tài liệu lâm học, trúc có nhiều loại, song trúc Yên Tử khá đặc biệt, là loại trúc hoá rồng màu vàng đậm, đốt có dày, có mỏng, gốc trồi khỏi mặt đất uốn cong lên với bộ dễ dày, xoăn tựa đầu rồng.
Trầu một lá và gừng gió ở Yên Tử là vị thuốc quý dùng chữa bong gân, thấp khớp và điều dưỡng khí huyết. Đối với những thầy lang, 2 vị thuốc này dường như còn quý và linh nghiệm hơn khi mọc ở nơi khí thiêng tụ về Yên Tử. Câu chuyện hơn 1.000 năm trước Công nguyên, đạo sỹ An Kỳ Sinh đã lên Yên Tử hái thuốc luyện đan trường sinh, cải lão hoàn đồng không biết hư thực ra sao nhưng cũng cho thấy thảm thực vật nơi đây đã từng tồn tại nhiều loại dược liệu quý. Thời vua Trần Nhân Tông, Yên Tử có am Dược, được coi là xưởng bào chế nhiều loại thảo dược chữa bệnh cho dân khi đại dịch về.
Mới đây nhiều nhà khoa học còn nhắc thêm một loại cây đặc biệt ở núi rừng Yên Tử. Đó là dải cây sung trước cửa chùa Giải Oan, Hoa Yên và lan rộng xuống các khe núi gần đó. Hàng mấy thế kỷ nay hoa sung, quả sung vẫn chiu chít chùm xanh, chùm đỏ ở nơi đây, cung cấp cho nhà chùa món sung ướp muối trong bữa ăn chay tịnh thường ngày.
Thực vật Yên Tử có thể coi là tài sản vật chất văn hoá, một phần linh hồn của di sản Yên Tử. Thế nhưng hiện nay nhiều loài cây trong đó đang bị xâm hại, có nguy cơ tàn lụi. Nhiều cây tùng quý có dấu hiệu lão hoá, sâu mục từ trong thân, trong rễ. Rừng trúc bị khai thác măng quá mức không phát triển được. Hàng đại cổ thụ cũng bị con người chèn ép phần gốc bởi các công trình xây dựng. Còn mai vàng Yên Tử, trầu một lá, gừng gió Yên Tử đang ngày ngày bị săn lùng, đào tận gốc, tận rễ để trở thành cây cảnh, chai thuốc bán ra thị trường... Tất cả những việc làm này cần được hạn chế, ngăn chặn để đảm bảo cảnh quan, hương sắc Yên Tử linh thiêng.
Cậu bé mắc bệnh lạ: Cứ cười là ngã, toàn thân vô lực...
